R StudioをWindowsで使用する場合、初期の文字コードはShift-JIS(CP932)なので、.Rや.Rmdファイルの読み書きなどで文字コードを設定したい時があるかもしれません。
保存時にUTF-8に変えたい場合、設定画面から変更が可能なのですが、どうやらR Studioのバージョンが新しくなって設定が変わっているようですね。
以前は[Tools] > [Global Options…] > [General] > [Default text encoding]だったようで、どのバージョンから変わっているかちょっとわかりませんが、見つからなくてちょっと焦りました。
2017年4月時点でVersion 1.0.136を使っているのですが、メニューの[Tools] > [Global Options…] から > [コード]ペインの > [Saving]タブの > [Default text encoding]に移動しているようです。
初期設定では[Ask]となっているので、R Scriptを保存する際に確認してくるため、あまり影響はないのかもしれません。また、[Ask]であれば保存時にダイアログで[Set as default encoding for source files]というオプションが表示されるのでそこをチェックしておけば設定したことと同じになるのでやっぱり気にしないでも良いのかもしれませんね。
MacにインストールされていたR StudioはVersion 1.0.44で同様に新しくなっていたので、1.X系0.99系でインターフェースが変わったのかもしれません。
【2018.02.13更新】
せっかくなので調べてみました。
0.98系から0.99系にバージョンが上がる時に変わっているようです。
このR Studioのサポートページ(Character Encoding)によれば、
files will be opened using UTF-8 (on Mac desktop, Linux desktop, and server) or the system's default encoding (on Windows).
とあり、MacやLinuxの場合はUTF-8、Windowsの場合はシステムの標準エンコーディング(つまり言語設定で日本語であればCP932)で開くということです。
CSVの読み書きで文字化けする場合はエンコーディングの指定が間違っているので、それについてはこちらの記事で書いています。